Get file from.... is vooral bedoeld voor incidentele files. De filenamen worden geselecteerd in de lijst links onderin het menu.
Get a bulk of files.. gebruikt ftp, waarbij de directories aan beide zijden aangepast kunnen worden en wildcards toegestaan zijn. Dus bijv. alle .seq files worden geselecteerd met *.seq. Verdere instructies staan in het menu venster.
Het onderdeel data conversie is het minst 'chemisch', maar het heeft
voor het Center wel directe praktische toepassing gehad. Het behandelt
methoden om vanuit REACCS databases hoogwaardige ORAC bestanden te
creeren, met een minimaal verlies aan nuttige informatie. De 'echte'
organische chemie komt aan bod in een hoofdstuk over synthese planning
op het gebied van de steroid synthese. De prestaties van LHASA zijn
onderzocht aan de hand van een bekend probleem, het desogestrel
molecuul. Deze evaluatie van LHASA gaf aanleiding tot de ontwikkeling van
een nieuw module voor 'rits- sluiting'-achtige reacties, de polyeen
cyclisaties.
2D - 3D
Als modelreactie voor de perceptie van stereoselectiviteit is de
hydride reductie van ketonen gebruikt. Het gaat om een samenspel van
sterische factoren en een electronisch effect, waarvan de exacte aard
nog steeds aanleiding geeft tot een heftig debat in de literatuur. Er
wordt echter aangetoond dat simpele modellen die het electronische
effect simuleren voorspellingen doen die voldoende betrouwbaar zijn
voor implementatie in LHASA.
The first Electronic conference for discussing
Trends in Organic Chemistry will be held during 12-23
June 1995 on the Global Internet using electronic mail and the
World-Wide Web as delivery mechanisms, and organised under the guidance
of an international scientific committee.
The deadline for submission of abstracts of papers or posters is April
28, 1995. Conference information and details of how to submit
contributions are available by the following mechanisms;
Een andere optie die we kennen uit de moleculaire mechanica wereld, het
afzoeken van de conformatie ruimte, is ook in VAMP opgenomen. Maximaal
10 torsiehoeken kunnen in stapjes gevarieerd worden, met elke
conformatie als startpunt voor een minimalisatie. In verband met de
hiervoor benodigde tijd lijkt 10 wat veel; in de praktijk zal men met
twee of drie kunnen volstaan.
Interfaces voor VAMP zijn andere OML programma's zoals TSAR (QSARs) en
ASP (vide supra), maar ook een SYBYL interface voor het bekijken van
de resultaten is al aanwezig. Verder interfacing vanuit SYBYL, voor
wat betreft de input, en MOLDEN voor zowel input als output worden
momenteel ontwikkeld. Het is de bedoeling dat VAMP Versie 5.5 als
batch programma beschikbaar komt. Een aantal opmerkelijke verschillen
met MOPAC is reeds gesignaleerd en in een volgend issue van de
Verbinding komen we daar op terug.
MOPAC maakt gebruik van het Conductor-like Screening Model (COSMO,
Andreas Klamt, Perkin Transactions 1993, 799). Op Van der Waals
afstand van het deeltje worden 32 (default, aan te passen met NSPA=n)
punten op een oppervlak geconstrueerd. De interactie energie met deze
segmentjes wordt uitgerekend met als correctie factor (via het EPS=nn
keyword) de dielectrische constante van het oplosmiddel. Men wordt wel
verondersteld dit soort rekenwerk via de POWER queue uit te voeren.
Het algoritme in VAMP past de punten op het oppervlak en de
ladingsverdeling van het molecuul wederzijds aan, tot een
Self-Consistent Reaction Field (G. Rauhut en T. Clark, J..Am. Chem.Soc.
1993, 115, 9174) ontstaat. Daar VAMP het oplosmiddel expliciet
betrekt in de berekening, heeft het geen keyword als EPS, maar
aanduidingen voor de individuele oplosmiddelen hexaan, hexadecaan,
tetrachloorkoolstof, benzeen, diethyl ether, chloroform, methyleen
chloride, aceton, ethanol, methanol, acetonitril, dimethyl sulfoxide,
water, pyridine en nitrobenzeen.
AMPAC (niet in ons pakket beschikbaar, het Center heeft wel een
single-user licentie) bevat het solvatatie model AMSOL van Cramer en
Trular (J.Am.Chem.Soc. 1991, 113, 8305, 8552, 9901), waarin (volgens de
handleiding) alle bovengenoemde bijdragen empirisch verdisconteerd
zijn. Een vergelijking, niet alleen op numerieke antwoorden, maar
ook qua snelheid, zou dus interessant zijn.
If you have anything you would like to broadcast to the genetics
community, tell us about it! We'd be delighted to help you find the
proper channels to your colleagues, known and unknown.
Promotie
In de namenlijst van het Center, opgenomen in de vorige Verbinding,
ontbreekt de naam van Jan Willem Boiten, tegen de tijd dat u dit leest
Dr. J.W. Boiten.
Voor hem (zijn werk eigenlijk) wat extra aandacht;
zoveel promoties vinden er bij het Center nu ook weer niet plaats.
Zijn contract met het Center liep per 1 januari af, zodat hij zich kan
voorbereiden op de verdediging (24 februari) van zijn proefschrift:
Computer Methods in Organic Synthesis Design; new and improved
algorithms for data conversion, synthesis planning, and 3D perception.
Een boekje in de computerondersteunde synthese, dus naast
algoritme-ontwikkeling is er ook veel chemie in te vinden. Daarnaast
veel 'data' natuurlijk, met een up to date overzicht van de tools die
de organicus ter beschikking staan.
Synthese planning met LHASA is lange tijd een proces in het
platte vlak geweest. Daarin is enige jaren geleden verandering gekomen
met de introductie van een eerste 3D model builder, een module dat de
platte tekeningen moet omzetten in 3D structuren. De 3D perceptie
component van het proefschrift beschrijft hoe dit prototype praktisch
ingezet kan worden bij het inschatten van stereoselectiviteit. De
eerste aandacht is uitgegaan naar het testen en verbeteren van de 3D
builder zelf. Hoewel hierin enkele belangrijke stappen gezet zijn, is
er nog een lang traject af te leggen voordat de vereiste
betrouwbaarheid bereikt is. 
WWW conference voor organici
In het najaar van 1994 vond de eerste electronische 'computational
chemistry' conferentie (ECCC) plaats, waarbij gebruik werd gemaakt van
presentaties in de vorm van html documenten. Dat zijn de WorldWideWeb
pagina's die u leest met browsers als Mosaic en Netscape. Zo'n
conferentie combineert het beste van twee werelden: electronisch, dus
je kunt het in je eigen tempo bekijken en hoeft er niet voor naar de
andere kant van de wereld;
html geeft de mogelijkheid de 'poster' te
voorzien van hypertext verwijzingen naar extra plaatjes of referenties,
van 'clickable' diagrammen of reactieschema's, links naar filmpjes,
geluid, etc. Voor deze zomer staat de organische versie op het
programma. Omdat de doelgroep wat minder prominent op het net aanwezig
is dan de rekenaars, hebben we de aankondiging hier opgenomen.
This pioneering forum offers
a novel, low cost and near-instant mechanism for discussing chemistry,
with features such as full colour structure diagrams, "clickable"
reaction schemes, rotatable 3D molecular images, key-word searches of
conference proceedings, and access to a conference "molecular hyper-glossary".
See issue 3, 1995 of Chemical Communications for further
details and J. H. Krieger and D. L. Illman, Chem. & Eng. News, 1994
(December 12), 29 for details of the previous ECCC conference organised
along similar lines. Contributions will take the form of a number of
invited Keynote papers, together with submitted papers, conference
posters, and electronic mail discussions, in all areas of contemporary
organic chemistry, including synthesis, structure, mechanism, physical
organic, new materials, bio-organic and computational studies. Papers
and posters will be subjected to the peer review process and we expect
will be published on a conference CD-ROM which will be abstracted by
Chemical Abstracts.
Oxford Molecular Ltd software
De programma's die beschikbaar zijn onder het ASSIST pakket van Oxford
Molecular Ltd. zijn met de December 1994 release ge-update. Met name
Abm (Immunoglobulin domain modelling software), ASP (automated
similarity pakket gebaseerd op electrostatics), CAMELEON (sequentie
analyse) en IDITIS (protein database en zoek software) zijn
ge-update. Een nieuwe loot aan de OML boom is VAMP. Oorspronkelijk is
VAMP ontwikkeld als een gevectoriseerde versie van AMPAC aan de
Universiteit van Erlangen-Nurnberg. Het is daarna snel uitgegroeid tot
een on- afhankelijk programma. Het is vrijwel geheel input-compatibel
met AMPAC en MOPAC, maar de quantum mechanische basis routines zijn
wezenlijk anders. Sinds 1983 heeft de groep van Dr. Tim Clark VAMP
ontwikkeld, o.a. in samenwerking met Dr. Chandrasekhar en Dr. Rauhut.
Speciale routines voor bijvoorbeeld CI berekeningen, NAO-PC (natural
atomic orbital point charge) (J.Comp.Chem.1993, 14, 503) modellen en
oplosmiddel simulaties (zie hiernaast) zijn hieruit voortgekomen. De
NAO-PC atoom multipolen dienen ook als input voor een C13 chemical
shift berekening, gebaseerd op een neuraal netwerk. In computro oplossingen
Een terzijde over oplosmiddel-effecten binnen de semi-empirische methoden
Dit onderdeel lijkt een interessante ontwikkeling door te maken, die
samenvalt met de groeiende belangstelling voor transition state
modelling. Op zowel het MOPAC, AMPAC als VAMP front worden methoden
bedacht om het oplosmiddel-effect in rekening te brengen. Daarmee
worden zowel de vormingswarmte als de solvatatie energie uitgerekend.
Lezers die in deze hoek werkzaam zijn zouden eens een vergelijkend
onderzoek moeten uitvoeren.
GDB & OMIM Services back on-line!
The CAOS/CAMM Center GDB and OMIM services are now back and fully
operational, as of Feb. 2. We apologise for any inconvenience this
absence may have caused you. Our Genomics Package was interrupted
during our relocation to new facilities in early January, and suffered
from a series of subsequent hard disk failures.
In re-implementing the GDB and OMIM services, we have used new (or
newer) equipment and redesigned the storage of the data; this new
configuration should provide a service that is faster AND more
reliable. And, as before, updated each day to be current with the
information held in GDB Baltimore.
World Wide Web Tutorial!
The GDB and OMIM General User course we offer here at the CAOS/CAMM
Center is now available via the World Wide Web. If you have a WWW
Browsing tool, like NCSA Mosaic, Netscape or MacWeb, connect to URL:
http://www.caos.kun.nl/genomics/GDB_OMIM_TOC.html
and try it out!
The tutorial is meant to be used INTERACTIVELY; you may login to the
CAOS/CAMM Center and run a GDB/OMIM session while reading the tutorial
pages. As you follow the instructions and examples of the tutorial,
you should learn the basics of using GDB and OMIM, as well as a few
subtleties that may help you use these databases more effectively.
cc_news genomics
Please read the notices entered into cc_news genomics. We try to put
information of relevance to users here, both specific to the CAOS/CAMM
Center, and of a more general nature, such as announcements and
postings to the various bionet newsgroups. MultiMap Availability
We have had two requests for the chromosome mapping programme,
MultiMap, to be made available to subscribers of the Genomics services.
We have investigated the package and assembled the components required
to get it running; you may expect it to be working by the middle of
February, as well as an on-line (WWW version) tutorial, by early
March.
Editor: Hens Borkent;
WebMaster: Jack Leunissen